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Toute matière organique peut être utilisée pour produire du biogaz : excrément, fumier ou lisier animal, fruits, légumes, restes d'abattoir, rejets de laiterie, de brasserie, de distillerie, etc.

Il est par contre difficile pour les bactéries utilisées dans le processus de digérer les matières organiques riches en fibres comme les feuilles et le bois, qu'on utiliser plutôt dans la valorisation des matières forestières résiduelles. (voir la section biomasse)

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